Flora
El municipio aún tiene grandes extensiones de bosques a pesar de la tala inmoderada y del maltrato por las quemas que se propagan en los meses de sequía.
En los límites de Mezcala, por Tecpatán y Quechula, se encuentran maderas preciosas, entre ellas: Caoba, Cedro, Pino, Fresno, Palo de Rosa, Chicozapote, Aguacatillo, Humo Prieto, Pajarito, Guachipilín, Limoncillo, Otate, Palo Amarillo, Aguacatillo, Roble, Amate, Chicozapote, Guarumbo, Hule, Clavo, Jimba y Taray.
Fauna
En los bosques mencionados existe gran variedad de animales de diferentes especies y clases: Venado Cabrito, Jaguar, Coyote, Tigrillo, Gato Montés, Conejo, Mapache, Murciélago, Puerco Espín, Senso (o Tamborcillo), Tlacuache, Armadillo, Ardilla, Jabalí, Tejón y Mono, entre otros.
Entre las aves, existen: Gavilanes, Zopilotes, Urracas, Pericos, Tordos y diferentes tipos de palomas.
También se encuentran reptiles como: Iguana de Rivera, Tortuga Plana, Tortuga, Cocodrilo, Nauyaca, Coralillo, Cascabel y otras.
De los insectos que afectan a la agricultura se mencionan: el Medigusano, Cumbú, Cogollero, Chapulines y Gallina Ciega.
Vegetación
La vegetación presente en el municipio es la siguiente: vegetación secundaria (selva baja caducifolia y subcaducifolia; y selva alta y mediana subperennifolia con vegetación secundaria arbustiva y herbácea) que abarca el 44.78% de la superficie municipal; selvas húmedas y subhúmedas (selva alta y mediana subperennifolia) el 16.26%; selvas secas (selva baja caducifolia y subcaducifolia) el 0.95% y el 0.56% de bosque deciduos (bosque de encino).
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